Fungicidi su klasifikovani prema načinu na koji se koriste

1. Zaštitno sredstvo
Prije nego što patogeni mikroorganizmi dođu u kontakt s biljkom ili urone biljku, biljka ili okolina se tretiraju lijekom koji inhibira klijanje patogenih spora ili ubija klijale patogene spore kako bi se biljka zaštitila od oštećenja. Ovaj efekat se naziva zaštitni efekat. Sredstva sa ovim efektom su zaštitna sredstva. Kao što su bordo mešavina, cink cink, bakar sulfat, zeleni mlečni bakar, mankozeb, hlorotalonil i tako dalje.
2. Terapeutska sredstva
Patogeni mikroorganizmi terapijskog agensa su se infiltrirali u biljku, ali biljka pokazuje simptome i nalazi se u periodu inkubacije. Lijek prodire u biljno tkivo iz epiderme biljke i ubija ili inhibira patogena putem transdukcije, difuzije ili proizvodnje metabolita, tako da oboljela biljka više neće patiti i vratiti zdravlje. Sredstva koja imaju ovaj terapeutski učinak nazivaju se terapeutska ili kemoterapeutska sredstva. Kao što su tiofanat-metil, karbendazim, kasugamicin i tako dalje.
3. Sredstvo za iskorjenjivanje
Eradikanti se odnose na patogene koji mogu direktno ubiti patogene koji su napali biljke kada se primjenjuju nakon što su biljke zaražene. Sredstva sa takvim efektom iskorenjivanja su sredstva za iskorenjivanje. Kao što su tiram, natrijum pentaklorfenat, krečni sumpor i tako dalje.