Rani fungicidi su bili neorganska jedinjenja, među kojima se i danas koriste sumporni prah i preparati bakra (vidi Bordo mešavina). Godine 1914., I. Reem iz Njemačke prvi je koristio organska jedinjenja žive za suzbijanje pšenične smuće, što je označilo početak razvoja organskih fungicida.
1934. WH Tisdale i drugi u Sjedinjenim Državama otkrili su baktericidna svojstva dimetil ditiokarbamata. Od tada su se počeli ubrzano razvijati organski fungicidi. Postoje tri glavne serije organskih sumpornih fungicida razvijenih 1940-ih i 1950-ih: thirams, dysons (kao što su cink dysons) i triklorometiltiodimetilkarboksimidi. Osim toga, razvijeni su i organski hlor, organska živa, organski fungicidi sa arsenom. Većina ovih fungicida su zaštitna sredstva i imaju ograničenja u primjeni.
Od 1960-ih godina pojavilo se više hemijskih vrsta fungicida, a najvažniji napredak je pojava sistemskih fungicida.
Japan je 1965. razvio organofosforni fungicid Daobenjing. Godine 1966. Sjedinjene Države su razvile wisterin. Godine 1967. Sjedinjene Države su razvile benomil. 1969. Japan je razvio tiofanat. Triciklazol je razvijen u Sjedinjenim Državama 1977. godine, metalaksil je razvijen u Švicarskoj, a aluminij trietilfosfat je razvijen u Francuskoj 1978. godine. Sistemski agensi predstavljeni gore navedenim su postali glavni tok razvoja fungicida od 1970-ih. Istovremeno, poljoprivredni antibiotici su se brzo razvili. Organska živa, organski arsen i neki fungicidi organskog hlora postepeno se ukidaju zbog toksičnosti ili zagađenja životne sredine. Nova generacija sistemskih agenasa dodatno je proširila tržište fungicida zbog njihovog poboljšanog efekta kontrole. Do 1980-ih postojalo je više od 200 vrsta fungicida. Prema istraživanju, 1985. godine prodaja fungicida u svijetu dostigla je 2,54 milijarde američkih dolara, što je činilo 18,4 posto ukupne prodaje pesticida.
U 1984. godini prodaja sistemskih sredstava u fungicidima iznosila je 44,2 posto, a nesistemskih sredstava 55,8 posto. Gotovo pola stoljeća razvoj fungicida uglavnom se fokusirao na sredstva za prevenciju i liječenje gljivičnih oboljenja, dok je istraživanje i razvoj sredstava za prevenciju i liječenje bolesti uzrokovanih bakterijama i virusima još uvijek nedovoljno. Od 1950-ih Kina je uglavnom razvila zaštitne fungicide. Od 1970-ih počela je razvijati sistemske fungicide i poljoprivredne antibiotike, a prestala je koristiti organske agense žive. Budući da je tehnologija primjene fungicida relativno složena, brzina razvoja nije tako brza kao kod insekticida. Međutim, poljoprivrednici sve više prepoznaju zaštitni učinak fungicida na poljoprivrednu proizvodnju. Sa modernizacijom kineske poljoprivrede, razvoj fungicida će se neizbježno ubrzati.